Soru:
Bir Protein Modelinin Omurga Çatışması İçerip İçermediğini Belirleme
harpalss
2012-08-22 16:46:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bir proteinin homoloji modellerinden oluşan bir topluluk var ve şimdi omurga çatışmaları olan modelleri kaldırmak istiyorum. Açıkça gözle kontrol edebilirim, ancak bu özneldir ve muhtemelen yayın için kabul edilmeyecektir.

Belirli bir protein modelinin omurga çatışması içerip içermediğini belirlemek için en iyi (tekrarlanabilir) yöntem nedir?

Bir cevap:
Daniel Standage
2012-08-22 17:58:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Herhangi iki atom arasındaki sterik çatışmayı kontrol etmenin yolu, omurga veya başka türlü, Öklid mesafesini hesaplamaktır. a ve b iki atomu temsil ediyorsa ( a_x , atomun X koordinatı a ve benzeridir), Öklid mesafesini aşağıdaki gibi hesaplayabilirsiniz.

d (a, b) = sqrt ((a_x - b_x) ^ 2 + (a_y - b_y) ^ 2 + (a_z - b_z) ^ 2))

Yani esas olarak fikir, omurga atomlarının her biri arasındaki ikili mesafeyi hesaplamak olacaktır. Herhangi bir atom çifti için, aralarındaki mesafe belirli bir eşiğin altına düşerse sterik çarpışma olur. Doğru hatırlıyorsam, bu eşik iki atomun van der Waals yarıçaplarının toplamıdır.

A ve b değişkenlerinin ilgili iki atomun atomik yarıçapını temsil ettiğini varsayıyorum. Yani a_x, a * x koordinatının atomik yarıçapı mı? A -ve sayısının karekökünü almaya çalışırsam bu denklem bir hata döndürmez mi? Bir sterik çarpışmayı belirlemek için a ve b atomlarının yarıçaplarını ekliyorum ve bu değer denklemdeki değerden büyükse bir çarpışma var mı?
Evet, "a" ve "b", her biri iki atomun X, Y ve Z koordinatlarını içeren 3 boyutlu vektörlerdir. Ancak, "sqrt ()" içindeki değer her zaman negatif olmayacaktır çünkü üç farkın her birinin karesi alınır, bu nedenle tanımsız bir değer elde etmek bir sorun olmamalıdır. Cevabı güncelledim.


ⓘ
Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...