Soru:
ChIP-seq ve ChIP-exo
khoomeister
2012-06-06 08:07:56 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Şu anda, bağlayıcı siteleri bulmak için ChIP-seq ve ChIP-exo'yu araştırıyorum.

Anladığım kadarıyla, ChIP-exo her yönden ChIP-seq'ten daha iyi görünüyor. .. ama yine de, bu alanda güçlü değilim.

ChIP-exo yaklaşımında herhangi bir zayıflık var mı?

Tıpkı bir ilk geçiş olarak, CHP-exo için ekstra ligasyon ve primer ekleme adımlarının belirli bir çalışmada daha az isabeti çözebileceğini söyleyebilirim, ancak bu aynı zamanda sonuçlarınızı daha az gürültülü hale getirebilir.
Bir cevap:
Steve Lianoglou
2012-06-08 00:38:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

ChIP-exo, "ChIP-seq katil" gibi görünüyor. Dr. Pugh'un bunu birkaç kez sunduğunu gördüm ve izleyiciler hemen hemen her zaman etkileniyor.

"Deneysel eğilimli" olsaydım yapacağım şeylerden biri, rastgele dejenere olmak olurdu olası PCR yapılarını kontrol etmek için kitaplıktaki barkodlar hazırlanır. ChIP-exo'daki "zirveler", ChIP-seq'ten biraz daha dar göründüğünden, bu tür önyargıları ortadan kaldırmak için yerel mahallede bazı kapsama alanı kullanmanın daha zor olacağını düşünüyorum (bunu yapmak istediğinizi varsayarak) yani).

Size ne düşündüğüm hakkında bir fikir vermek için - bu bir şekilde burada tasvir edilenle benzer olacaktır.



ⓘ
Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...